成都中医药大学档案馆是对全校档案工作进行组织、协调和管理的职能部门，也是永久保管各类档案资源、提供档案信息服务的业务部门。学校档案工作始于建校初期，1984年成立综合档案室，隶属于学院办公室；1992年定位副处级机构；2006年四川生殖卫生学院和四川省卫生管理干部学院并入成都中医药大学，2007年成立档案馆，正处级机构；2022年学校档案馆与图书馆合署办公。

   档案馆秉持“为党管党、为校守史、为师生服务”的宗旨，围绕档案治理体系、档案资源体系、档案利用体系、档案服务体系建设，发挥档案馆“存史、资政、育人”的功能，为学校高质量发展贡献档案力量。

   档案馆目前有4个全宗，包括成都中医进修学校、成都中医药大学（含成都中医学院）、四川省卫生管理干部学院、 四川生殖卫生学院。截止2025年馆藏档案：9.3万余卷（按卷管理）+7.3万余件（按件管理），涵盖党群、行政、教学、科研、会计、基建等17个类别。